賃借人が敷金から滞納家賃を支払うと言ってきましたが、断ってもいいですか。

断ることが可能です。敷金は、賃貸借契約が終了した際に、滞納家賃や建物に関する損害賠償債務など賃借人の債務の支払いを担保するものだからです。断った場合、当然滞納家賃を支払ったことにはなりませんので、家賃滞納が続きます。